Entre las ideas innatas se encuentra, según Descartes, la idea de sustancia. Por sustancia entiende aquella realidad permanente y estable que existe por sí misma, con independencia de cualquier otra cosa y que sirve de base a las diversas cualidades. No tenemos noticia de la idea de sustancia por la experiencia sensible (por lo que los empiristas negarán su validez), pero eso lo que demuestra es que es una idea innata, una idea que pertenece a la propia razón.
Nuestro pensamiento descubre la idea no de una sustancia, sino de tres tipos de sustancia: pensante, extensa e infinita.

En primer lugar descubrimos la idea de sustancia pensante, el yo que hemos encontrado como primera evidencia indudable de nuestra búsqueda. Pero ese descubrimiento no nos permite salir de nosotros mismos. Soy pensamiento y tengo pensamientos. En eso consiste mi ser o sustancia. No obstante, no puedo saber si esos pensamientos se corresponden con alguna cosa fuera de mí mismo. No sé con certeza, por ejemplo, si, además de pensamiento tengo cuerpo.

Esa idea, la de cuerpo, la de sustancia extensa, que correspondería a los objetos exteriores, es la segunda de las ideas que Descartes considera innatas. La característica que define esta idea es la extensión, la propiedad de coupar un espacio.

Pero que tengamos la idea de sustancia extensa en nuestra mente no demuestra que los cuerpos tengan realmente una existencia fuera de nosotros. El puente por el cual Descartes conseguirá pasar del mundo de la conciencia al mundo exterior, del pensamiento a la realidad, será la tercera manifestación de la idea de sustancia que Descartes descubre en el análisis de su conciencia: la sustancia infinita, la idea de Dios.

Sustancia propiamente hablando sólo lo es Dios, ya que la existencia de la sustancia pensante y de la sustancia extensa se deben a que Dios las mantiene en la existencia. Los atributos de cada una de las 3 sustancias están recogidos en su nombre: el atributo del yo es el pensamiento, el de la materia la extensión, el de Dios la perfección.

El DUALISMO CARTESIANO Y SUS CONSECUENCIAS

En el análisis de la conciencia hemos descubierto que el pensamiento es incorpóreo. La naturaleza de lo sensible, en cambio, consiste en su extensión. Así pues, estamos ante una concepción dualista del ser humano: somos una mente o espíritu (sustancia pensante) distinta y hasta cierto punto independiente, de nuestro cuerpo material (sustancia extensa)
Pero, de tan distintas como Descartes las ha concebido, no se encuentra la manera de poner en contacto las dos sustancias. ¿Cómo puede influir el pensamieno sobre la extensión y viceversa?
Descartes se referirá a la glándula pineal, en la base del cerebro, como punto de encuentro entre ambas, pero esa solución no es satisfactoria. Decir que esta relación se produce en un lugar determinado, pero no explicar cómo dos sustancia tan radicalmente distintas pueden interactuar, no resuelve nada.
Posteriormente, Leibniz optará por la acción mediadora de la sustancia infinita: es Dios quién pone en conexión cuerpo y alma. Spinoza, en cambio, eliminará el problema renunciando al dualismo y considerando cuerpo y alma como amnifestaciones de una misma sustancia única que es Dios.